Илья Васильевич Шестаков родился 15 июля 1978 года в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург).
Окончил Санкт-Петербургский государственный университет экономики и финансов в 2000 году, Российскую академию государственной службы при Президенте РФ в 2009 году.
Кандидат экономических наук.
До 2001 года Илья Шестаков работал на различных должностях в коммерческих организациях.
С 2001 года по 2008 год был заместителем начальника управления кредитов ОАО «Газпром».
В 2009-2010 годах — генеральный директор ОАО «Российский научно-исследовательский институт сельскохозяйственных приборов».
В феврале — июле 2010 года Шестаков был заместителем директора департамента пищевой, перерабатывающей промышленности, регулирования агропродовольственного рынка и качества продукции министерства сельского хозяйства РФ.
С июля 2010 года по июль 2011 года — директор департамента регулирования агропродовольственного рынка и развития инфраструктуры министерства сельского хозяйства РФ.
20 июля 2011 года Шестаков был назначен заместителем министра сельского хозяйства РФ.
Илья Шестаков женат, у него трое детей.
Согласно сведениям о доходах, в 2012 году Шестаков заработал около 5 миллионов рублей.
