Как пояснил руководитель агентства Александр Давыденко, планируется создать администрацию портов Западной Арктики с центром в Мурманске, администрации портов Балтики, Черного моря, Азовского моря, Каспийского моря.
Кроме того, предполагается включение портов администрации Приморского края (Якутия и Чукотка) в состав портов, подведомственных администрации Северного морского пути (также Гидрографическое предприятие).